Храм Воздвижения Креста Господня в Алтуфьево имеет три престола:
Главный (центральный алтарь) освящён в честь Воздвижения Животворящего Креста Господня. Престольный праздник — 27 сентября
Приставной престол центрального алтаря, на котором обычно совершаются ранние литургии в воскресные и праздничные дни, освящён в честь святого мученика Трифона. Престольный праздник — 14 февраля. Местночтимая икона мученика Трифона располагается в средней части храма при входе слева.
Левый придел освящён в честь преподобного Макария Желтоводского, Унженского чудотворца. Престольный праздник — 7 августа. Перед алтарем на аналое находится икона прп. Макария с частицей мощей.
Правый придел освящён в честь святителя Ионы, Митрополита Московского. Престольный праздник — 13 апреля и 28 июня. С правой стороны перед алтарем располагается мощевик, в котором находятся мощи святых:
- Святителя Ионы, митрополита Московского;
- Святителя Феофана, Затворника Вышенского;
- Преп. Макария Желтоводского и Унженского;
- Преп. Агапита Киево-Печерского;
- Преп. муч. Анастасия Киево-Печерского;
- Преп. Аникифора Киево-Печерского;
- Преп. Григория Чудотворца Киево-Печерского;
- Преп. Дамиана Целебника Киево-Печерского;
- Преп. Евстратия Киево-Печерского;
- Преп. Еразма Киево-Печерского;
- Преп. Ефрема Киево-Печерского;
- Преп. Илии Киево-Печерского;
- Преп. Иоанна Киево-Печерского;
- Преп. Иоанна Постника Киево-Печерского;
- Преп. Исакия Киево-Печерского;
- Преп. Кукши Киево-Печерского;
- Преп. Лаврентия Киево-Печерского;
- Преп. Луки Киево-Печерского;
- Преп. Макария Киево-Печерского;
- Преп. Моисея Киево-Печерского;
- Преп. Нектария Киево-Печерского;
- Преп. Нестора Летописца Киево-Печерского;
- Преп. Никодима Киево-Печерского;
- Преп. Онуфрия Киево-Печерского;
- Преп. Никола Святоша Киево-Печерского;
- Преп. Никона игумен Киево-Печерского;
- Преп. Нифонта Киево-Печерского;
- Преп. Онисифора Киево-Печерского;
- Преп. Павла Киево-Печерского;
- Преп. Пимена Киево-Печерского;
- Преп. Прохора Киево-Печерского;
- Преп. Сергия Киево-Печерского;
- Преп. Сильвестра Киево-Печерского;
- Преп. Феодора Киево-Печерского;
- Преп. Феофила Киево-Печерского.
8 февраля 2015 года в день памяти святых Новомучеников и исповедников Русской Церкви на западной стене храма (перед входом справа) установлен памятный знак в честь священников Крестовоздвиженского храма, прославленных в лике святых: сщмч. Николая Толгского, сщмч. Василия Смирнова и сщмч. Сергия Лебедева. Икона священномучеников размещена справа на стене возле центрального алтаря.
Местночтимый список Казанской иконы Божией Матери находится с правой стороны от центрального иконостаса. Ранее эта икона находилась в храме преподобного Сергия Радонежского в Бибиреве. После закрытия этого храма в годы советской власти образ был перенесен крестным ходом в храм Воздвижения Креста Господня в Алтуфьеве, где всегда был почитаем прихожанами. После возобновления регулярных богослужений настоятель храма преподобного Сергия Радонежского в Бибиреве пожелал, чтобы этот образ Богородицы остался в нашем храме, где в годы лихолетий нашел приют.
